Mengacu pada kebijakan yang mengatur tentang Perangkat Daerah, yaitu Peraturan Daerah Kabupaten Kepulauan Selayar Nomor 03 Tahun 2008 Tentang Pembentukan, Susunan Organisasi Dan Tata Kerja Perangkat Daerah Kabupaten Selayar, maka Tugas Dinas Kesehatan Kabupaten Kepulauan Selayar adalah “ Menyelenggarakan Urusan Pemerintahan Di Bidang Kesehatan Yang Menjadi Kewenangan Daerah Dan Tugas Pembantuan”.

Dalam melaksanakan tugas tersebut Dinas Kesehatan Kabupaten Kepulauan Selayar dipimpin oleh Kepala Dinas yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Tugas Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten Kepulauan Selayar adalah membantu Bupati menyelenggarakan urusan Pemerintahan di Bidang Kesehatan yang menjadi kewenangan Daerah dan Tugas Pembantuan yang ditugaskan kepada Pemerintah Daerah.